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九江市环境保护局内设6个职能科室。
 （一）办公室
 负责文电、会务、机要、档案、人事、离退休干部管理等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、宣传教育等工作；承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作；承担环境行政执法的管理和指导工作。
 （二）计划财务科
 组织编制环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；承担机关、直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作；贯彻执行国家环境标准，参与拟订地方环境标准、环境基准和技术规范；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
 （三）环境影响评价科（行政许可服务科）
 负责审批建设项目的环境影响评价文件；负责建设项目竣工环境保护验收；按省环保厅要求，监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；负责对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，提出暂停审批环境影响评价文件的建议并组织实施；负责环境影响后评价工作；负责对建设项目施工期环境监理的监督检查。
 （四）污染防治科（自然生态科）
 负责监督管理全市的污染源防治工作；组织城市环境综合整治定量考核；负责市级环境保护贷款和补助资金项目治理方案的审查和竣工验收；组织实施排污申报登记、跨县（市、区）界河流断面水质考核制度，监督管理全市饮用水水源地环境保护工作；负责企业上市和上市企业再融资的污染防治核查工作；监督管理全市生态保护工作；协助省厅做好新建和申报的各类省级、国家级自然保护区审批工作；组织协调农村生态环境保护，指导全市生态创建和生态农业建设；监督管理土壤污染防治工作。
 （五）污染物排放总量控制科
 组织实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出实施总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作；承担市污染减排工作领导小组办公室的日常工作；负责核准节能减排财政和价格补贴；组织开展环境监测。
 （六）核与辐射安全管理科
 承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作；承担核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理。
 机关党总支。负责机关和直属单位的党群工作。
 纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。